2015年4月21日，福州医博肛肠医院正式获批成为福州市基本医疗保险定点医疗机构。经过一段时间的医保知识岗前培训后，于5月5日正式对外开放使用。此次市医保的成功开通，将使到福州医博肛肠医院就诊的福州市民享受到更低的诊疗费用以及更便利的诊疗服务。

据悉，福州医博肛肠医院现已开通了省、市医保及新农合，凡是福州市、福建省城镇职工基本医疗保险或是新型农村合作医疗保险参保人员，只要凭身份证就诊，就能享受到医保实时报销，据悉，医保报销比例高达97.6%。在医院就诊时，无需先付费，只要按规定完成诊疗，在诊疗结束后只需缴纳20%自费部分，其他报销部分由医院和医保局进行结算，从而简化就医程序，大大减轻了患者的就医负担。